Institutul European din România este condus de un consiliu de administraţie.

Conducerea operativă a Institutului European din România se exercită de către un director general.

Consiliul ştiinţific consultativ sprijină activitatea directorului general, contribuind la elaborarea strategiei pe termen mediu şi lung şi a programelor anuale de activitate ale Institutului European din România.

Consiliul de administraţie

Consiliul de Administraţie (CA) al IER este format din nouă membri, numiţi conform dispoziţiilor art. 8 din OG 15/1998 privind Institutul European din România, cu modificările şi completările ulterioare
Preşedintele CA, împreună cu patru membri sunt numiţi de Primul-ministru, la propunerea secretarului de stat care coordonează Departamentul pentru Afaceri Europene. Academia Română, Parlamentul României prin Comisia pentru Afaceri Europene, confederaţiile sindicale şi organizaţiile patronale reprezentative la nivel national, vor desemna câte un membru al CA.
Atribuţiile CA sunt:

  • aprobă strategia şi proiectele Institutului European din România;
  • îl numeşte şi îl revocă pe directorul general al Institutului European din România;
  • dezbate programul anual, care se supune aprobării Departamentului pentru Afaceri Europene, la propunerea directorului general;
  • dezbate raportul anual al Institutului European din România, la propunerea directorului general, şi îl supune aprobării Departamentului pentru Afaceri Europene;
  • dezbate proiectul bugetului anual de venituri şi cheltuieli, care se supune aprobării Departamentului pentru Afaceri Europene, la propunerea directorului general, precum şi execuţia bugetară din anul anterior;
  • aprobă raportul directorului general privind descărcarea de gestiune a acestuia pentru perioada analizată;
  • aprobă structura organizatorică, statutul şi regulamentul de organizare şi funcţionare ale Institutului European din România;
  • avizează colaborarea cu organizaţii interne şi internaţionale, precum şi afilierea la organizaţii internaţionale.

În prezent, Consiliul de administrație este format din următorii membri:

  • Leonard Orban, preşedinte
  • Prof.univ.dr. Dan Oancea, membru
  • Acad. Răzvan Theodorescu, membru
  • Acad. Florin Filip, membru, reprezentantul Academiei Române
  • Clara Volintiru, membru, reprezentantul Parlamentului României
  • Adrian Voica, membru, reprezentantul organizaţiilor sindicale reprezentantive la nivel național
  • Radu Godeanu, membru, reprezentantul confederaţiilor patronale reprezentative la nivel național

Consiliul știinţific consultativ

Consiliul știinţific consultativ (CSC) al Institutului European din România este format din cel mult nouă membri, numiţi de către directorul general pe o perioada de patru ani. Membrii CSC sunt personalităţi ale vieţii publice cu o pregătire profesională şi experienţă vastă în domeniile pe care le reprezintă.
Consiliul știinţific consultativ, în afară de contribuţia pe care şi-o aduce la elaborarea strategiei pe termen mediu şi lung şi a programelor anuale de activitate ale Institutului, este şi un forum de dezbateri referitoare la procesul de integrare europeană.
Activitatea membrilor CSC constă în participarea la reuniuni plenare ale Consiliului (trimestrial de obicei), evaluarea unor lucrări de cercetare/informare elaborate în cadrul Institutului European din România, participarea ca moderatori sau lectori la seminarii şi conferinţe organizate de Institut etc.
În prezent, Consiliul știinţific consultativ este format din următorii membri:

  • academician Tudorel Postolache (preşedinte de onoare),
  • prof.univ.dr. Florin Bonciu, Prorector Universitatea Româno – Americană,
  • E.S. Lazăr Comănescu, Ambasadorul României în Germania,
  • dr. Valentin Lazea, economist şef BNR,
  • dr. Liviu Mureşan, preşedinte EURISC,
  • prof. univ. dr. Gheorghe Oprescu, Universitatea Politehnică Bucureşti,
  • prof. univ. dr, Vasile Puşcaş, director al Institutului de cercetări europene, Facultatea de Istorie – Filozofie, Universitatea Babeş-Bolyai, Cluj – Napoca,
  • acad. Gheorghe Zaman, prof. univ. dr, director al Institutului de Economie Naţională.